Cecilia Malmström är Sveriges EU-kommissionär sedan den 10 februari 2010. I EU-kommissionen har hon ansvar för så kallade inrikesfrågor, vilket innefattar bland annat brottsbekämpning, asyl- och migrationsfrågor, gränsbevakning och polissamarbete. Ett av hennes huvudmål är att EU får ett gemensamt asylsystem senast 2012. Inom ramen för det har hon bland annat lagt förslag om att stärka Frontex, EU:s gränskontrollbyrå. Två andra prioriterade frågor för Malmström är bekämpning av terrorism och organiserad brottslighet.
Hon kommer att jobba mycket med det så kallade Stockholmsprogrammet om EU:s rättsliga samarbete under 2010–2014. Det sker delvis i samarbete med Viviane Reding som är kommissionär för för medborgerliga fri- och rättigheter. De båda delar numera på den post som fransmannen Jacques Barrot innehade som kommissionär för rättvisa, frihet och säkerhet.
Som Europaparlamentariker lyckades Malmström samla in över en miljon namnunderskrifter för att stoppa parlamentets regelbundna resande mellan Bryssel och Strasbourg inom ramen för kampanjen oneseat.eu. Kampanjen har dock ännu inte uppnått sitt mål.
