Christofer Fjellner är inne på sin andra mandatperiod som EU-parlamentariker för Moderaterna efter att ha blivit invald 2004 och omvald 2009. Han tillhör den största partigruppen i parlamentet, EPP, och är ledamot i utskottet för internationell handel där han driver frågan om en fri och öppen handel.

I parlamentet har Fjellner bland annat varit drivande för införandet av ett nytt redovisningssystem som ska ge bättre kontroll över EU:s pengar.

Fjellner var ordförande för Moderata ungdomsförbundet 2002–2004 och har kritiserat moderatledaren och numera statsministern Fredrik Reinfeldt för att vrida partiet mot den politiska mitten. Han startade som svar 2003 en kampanj kallad Enjoy capitalism.

I november 2010 antog EU-parlamentet hans betänkanden om bättre information till allmänheten om receptbelagda läkemedel.